रुद्र का अर्थ है शिव, अक्ष का अर्थ है आँसूं। रुद्राक्ष, भगवान शिव के आंसू हैं। कहानी इस तरह है कि एक बार, शिव लंबे समय तक ध्यान में बैठे रहे। उनका परमानंद ऐसा था कि वे बिल्कुल स्थिर हो गए। ऐसा लग रहा था कि वे सांस भी नहीं ले रहे थे, और सभी को लगा कि वे मर चुके हैं। जीवन का केवल एक संकेत था - परमानंद के आँसू जो उनकी आँखों से बह रहे थे। ये आँसूं पृथ्वी पर गिर गए और रुद्राक्ष बन गए, रुद्राक्ष - यानि "शिव के आँसू।"